该工程是由世界银行贷款、广东省水运工程监理咨询公司监理的工程，工程施工和管理都要求按ISO9000管理体系规范管理。炸礁工程量约6.4万m³，施工区长达90km，水深较浅，区域狭窄，陆地建筑物距离爆破区近（最近点30cm），岩层厚度最薄，地质条件变化最复杂，给施工进度和效率造成很大的压力。经过公司的精心部署，以“安全、进度、质量”为工作重点，工程于1999年5月9日开工，2000年2月19日峻工，比合同期提前了4个月时间完成施工，工程一次性通过验收。

 

本工程包括炸清礁和疏浚三部分，炸清礁工程量约14万m³，疏浚工程量约133万m³。自2000年5月12日开工至2001年8月24日完成全部炸清的施工任务（包括增加的工程量），8月30日一次性通过扫海验收，经福建省质量监督站等单位联合验收，质量优良，竣工时间比合同工期提前20多天；疏浚工程则于2000年9月6日开工至2001年8月7日结束。

由于厦门东渡工程的施工区域位于厦门西港海域，该区域正是厦门中华白海豚国家级自然保护区的两个核心区域之一，附近也存在大量渔业养殖区，因此环境保护也是施工过程中的重要一环。一年多的施工过程中，没有对附近水域的中华白海豚、渔业养殖以及水质产生不良影响，受到国家海洋局三所、厦门大学、省水产研究所和省海洋研究所的专家的肯定和好评，也为今后在类似区域的施工积累了宝贵的经验。